Die Universität Jena ist zur Zeit der Weimarer Klassik starken Veränderungen unterworfen. Im Zuge der Französischen Revolution kommt es zu einer zunehmenden Politisierung der Professorenschaft. Ein frühes Beispiel für einen politischen Professor ist der Philosoph Johann Gottlieb Fichte, dessen Zeit in Jena 1799 im Atheismusstreit endet. Die Entwicklung des politischen Professorentums wird durch Fichtes Entlassung entschleunigt, mit den ersten Krisenzeichen des napoleonischen Herrschaftssystems ergibt sich jedoch eine neuer Schub für die Politisierung der Professoren. Spätestens mit dem Ausbruch der Freiheitskriege gegen die französische Vorherrschaft im deutschsprachigen Raum kommt es dann zu einer Politisierung ganz neuen Ausmaßes. Diese Phase wird geprägt von Professoren wie Luden, Oken und Fries. Diese sind zudem als Publizisten tätig, so gibt etwa Luden die "Nemesis" heraus und Oken die "Isis", in beiden Fällen handelt es sich um politische Zeitschriften. Mit dem Ende der napoleonischen Herrschaft geht das politische Professorentum in eine neue Phase über. Die vorher gegen die französische Hegemonie gerichteten liberal-nationalen Forderungen richten sich nun immer stärker gegen die Restauration im Zuge des Wiener Kongresses. Die Regierung des Herzogtums Sachsen-Weimar-Eisenach, allen voran die Geheimen Räte Goethe und Voigt, werden dadurch vor große Herausforderungen gestellt.