Jena ist mit der "Weimarer Klassik" eng verbunden. Weimar und Jena liegen räumlich so nah beieinander, dass beide Städte oftmals in der Forschung als "Doppelstadt" bezeichnet worden sind. Beide Städte sind jedoch auch durch ein dichtes Beziehungsnetz  verwoben, durch das ein reger wissenschaftlicher und kultureller Austausch ermöglicht wird. 
Auch für Goethe besitzt Jena eine besondere Bedeutung, denn die Stadt unterscheidet sich von Weimar vor allem durch zwei Eigenschaften: Sie ist keine Hofstadt und dadurch weniger den Notwendigkeiten der Repräsentation unterworfen. Oftmals nutzt Goethe diesen Vorzug, um zurückgezogen an seinen Werken arbeiten zu können.
Jena ist zudem durch die Universität ein Ort der Wissenschaft, wodurch hier für Goethe ein Austausch mit zahlreichen Forschern und Professoren ermöglicht wird. Die Universität Jena ist es auch, die Schiller anfänglich ins Herzogtum führt. Vor Schillers späterer Übersiedlung nach Weimar hält sich Goethe auch deshalb immer wieder über längere Zeit in Jena auf. 
Goethe ist zusätzlich administrativ mit der Universität Jena verbunden, denn nach seiner Italienreise ist er in der Oberaufsicht über die Universität tätig. Dies verbindet ihn näher mit Jena, führt jedoch auch immer wieder dazu, dass Goethe in die Konflikte an der Universität involviert wird.
Das Seminar verfolgt das Ziel, Goethes Wirken und Spuren in Jena zu verfolgen. Dabei liegt ein besonderer Fokus auf Goethes früher Zusammenarbeit mit Schiller und auf seiner Tätigkeit an der Universität Jena.